下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围：
1.应当从工伤保险基金中支付的
工伤保险是社保体系中立法最完善、制度最成熟、模式最统一的一项制度。工伤保险待遇大体可分为四类，即工伤医疗康复待遇、辅助器具配置待遇、伤残待遇和死亡待遇。在工伤医疗康复待遇中，治疗工伤所需的挂号费、医疗康复费、药费、住院费等费用符合工伤保险诊疗项录、工伤保险药品目录工伤保险住院服务标准的，从工伤保险基金支付，对于该部分费用，基本医疗保险基金不予支付。
2.应当由第三人负担的
这主要是指由于第三人侵权，导致参保人员的人身受到伤害而产生的医疗费用，前述医疗费用应由侵权人负担，基本医疗保险基金不予支付。比如因职工在假期因交通事故受伤送往医院治疗后产生的医疗费用应该由肇事司机承担。但为了减轻职工负担，同时防止因第三人逃逸等特殊情况而加重职工自身负担《社会保险法》也规定了如果医疗费用依法应当由第三人负担，但第三人不支付或者无法确定第三人的，由基本医疗保险基金先行支付。
遇到这种情况，在医疗费用结算时，参保的职工可以向参保地社会保险经办机构书面申请基本医疗保险基金先行支付，并告知造成其伤病的原因和第三人不支付医疗费用或者无法确定第三人的情况。社会保险经办机构接到申请后，经审核确定其参加基本医疗险的，应当按照统筹地区基本医疗保险基金支付的规定先行支付相应部分的医疗费用。基本医疗保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。
3.应当由公共卫生负担的
公共卫生是指政府组织全社会共同努力，改善社会卫生条件，预防控制传染病和其他疾病流行，培养良好卫生习惯和文明生活方式，达到预防疾病、促进人民群众身体健康所提供的医疗服务。公共卫生主要由政府提供，主要包括计划免疫、妇幼保健、应急救治、采供血以及传染病、慢性病、地方病的预防控制等。凡是现阶段基本公共卫生服务能向公众免费提供的项目，不作为基本医疗保险基金支付的范围
4.在境外就医的
公民因旅游、探亲、学习培训、从事商务活动等出境，其在境外就医发生的医疗费用，基本医疗保险基金不予支付，可以通过参加所在国的医疗保险或者购买商业保险的方式解决。此处的“境外”包括香港、澳门和台湾。
法律法规：《中华人民共和国社会保险法》第三十条下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围:（一）应当从工伤保险基金中支付的；（二）应当由《中华人民共和国社会保险法》第三人负担的；（三）应当由公共卫生负担的；（四）在境外就医的。医疗费用依法应当由第三人负担，第三人不支付或者无法确定第三人的，由基本医疗保险基金先行支付。基本医疗保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。
