法律分析：一、试用期内离职被扣工资如何处理?
可以向劳动办投诉。在试用期内向公司提出辞职，公司扣工资，劳动者可以向当地劳动监察大队投诉，要求用人单位支付工资的。
1.在试用期内，员工提前3天书面形式提出离职就可以，若过了试用期，员工提前30天以书面形式就行了。
公司应在员工离职后三个工作日内结清工资，员工可以要求公司在三个工作日内结清你的全部工资，提前离职或自动离职，公司也无权扣钱;
2.员工可以通过快递的方式向公司提出离职要求，同时保留好快递单，作为曾经提前向公司提出离职的证据。
即使员工自动离职或急辞工，公司也应当结清工作期间的全部工资，不能扣钱的;
3.若因员工的提前离职给公司造成损失，应赔偿损失，但这种情况主要是针对高级管理人员或技术人员，但这种损失一般很难举证证明，因此企业在招聘人员时要做好相关的人力准备;
4.法律规定是应在办好离职后三个工作日结清全部工资，但实践中，有的公司一般是下次发工资时一起发放;
5.无论是以何种方式离开公司(是开除的还是自己旷工或自己主动提出离职走的)，已工作期间的工资，公司应发放。
二、如何申请劳动仲裁
1、去当地人力资源和社会保障局(原劳动局)内的劳动争议仲裁委，申请劳动仲裁，立案时需携带：仲裁申请书2份、申请人身份证复印件1份;相关证据复印件和证据清单2份;用人单位的工商登记信息(北京地区不需要提供登记信息)。
2、提交材料后，5个工作日仲裁委给予立案，然后给双方举证期，给对方答辩期;然后开庭审理，之后对双方进行调解，调解不成仲裁委会下达裁决书;劳动仲裁60天内结案;对于裁决书不服，劳动者可以起诉到法院;
3、申请劳动仲裁期间，不耽误劳动者去新单位工作。
综上所述，试用期内员工被扣工资的话，可以与公司进行协商，若协商不成，可到当地劳动保障的部门进行投诉，如果当事人的情况比较复杂，可以到当地的劳动部门进行询问。
法律依据：《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》
第二条中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
(一)因确认劳动关系发生的争议；
(二)因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；
(三)因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；
(四)因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；
(五)因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；
(六)法律、法规规定的其他劳动争议。
第五条发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。
