事业单位周末安排职工加班的，加班工资应该按照平时工资收入的两倍计算，事业单位的工作人员不是国家公务员，目前在我国只有国家公务员加班没有加班费，其他普通劳动者加班的都有加班费，但是，周末安排加班随后又安排了补休的，可以不付加班费。
事业单位员工周末加班的，加班工资是平时工资的2倍，加班工资的计算依据是:
(一)安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬;
(二)休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬;
(三)法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
二、被拖欠加班工资的仲裁流程有哪些?
1、提交申请书:当事人申请仲裁，应当提交书面仲裁申请书，并按照被申请人数提交副本。
2、仲裁受理:仲裁委员会应当自收到仲裁申请之日起五日内作出受理或者不予受理的决定。仲裁委员会决定受理的，应当自作出决定之日起五日内将申诉书副本送达被申请人。决定不予受理的，应当说明理由。
3、开庭审理:仲裁庭应当于开庭的五日前，将开庭日期、地点书面通知双方当事人。无正当理由拒不到庭或者未经仲裁庭同意中途退庭的，对申请人按照撤诉自理，对被申请人可以做缺席裁决。
4、仲裁调解:仲裁庭处理劳动争议应当先行调解，在查明事实的基础上促使当事人双方自愿达成协议。调解达成协议的，仲裁庭应当根据协议内容制作调解书，调解书自送达之日起具有法律效力;调解未达成协议的，仲裁庭应当及时裁决。
5、仲裁裁决:仲裁庭裁决劳动争议案件，应当自劳动仲裁委员会受理仲裁申请之日起四十五日内结束。案情复杂需要延期的，经批准可以延期并书面通知当事人，延长期限不超过十五日。仲裁庭裁决后应当制作仲裁书送达双方当事人。当事人对仲裁裁决不服的，自收到裁决书之日起十五日内，可以向人民法院起诉;期满不起诉的，裁决书即发生法律效力。
三、被拖欠加班工资的仲裁申请书需载明哪些内容?
(一)劳动者的姓名、性别、年龄、职业、工作单位和住所，用人单位的名称、住所和法定代表人或者主要负责人的姓名、职务;
(二)仲裁请求和所根据的事实、理由;
(三)证据和证据来源、证人姓名和住所。
不管在事业单位还是私人单位上班，周末的加班工资都是按照平时工资的两倍确定的，而且，周末的加班费可以用补休替代，如果是法定节假日加班，法定节假日的加班费最高，按照平时工资收入的三倍计算。加班费应该连同当月工资一次发放。
