代通知金需要缴纳个人所得税，但经济补偿金可以在规定的范围内免税处理，根据《财政部、国家税务总局关于个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入征免个人所得税问题的通知》规定，个人因与用人单位解除劳动关系而取得的一次性补偿收入(包括用人单位发放的经济补偿金、生活补助费和其他补助费用)，其收入在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税;超过的部分按照《国家税务总局关于个人因解除劳动合同取得经济补偿金征收个人所得税问题的通知》的有关规定，计算征收个人所得税。
《国家税务总局关于印发〈个人所得税全员全额扣缴申报管理暂行机制〉的通知》第三条规定，本机制所称个人所得税全员全额扣缴申报(以下简称扣缴申报)，是指扣缴义务人向个人支付应税所得时，不论其是否属于本单位人员、支付的应税所得是否达到纳税标准，扣缴义务人应当在代扣税款的次月内，向主管税务机关报送其支付应税所得个人(以下简称个人)的基本信息、支付所得项目和数额、扣缴税款数额以及其他相关涉税信息。本机制所称扣缴义务人，是指向个人支付应税所得的单位和个人。根据上述规定，公司支付给解除劳动合同员工代通知金不属于经济补偿金，不能适用一次性补偿收入计缴个人所得税规定，应按工资、薪金代扣代缴个人所得税。另外，贵公司作为扣缴义务人，即使支付的款项达不到征税标准，也应按规定向主管税务机关报送相关信息及数据。
