一、不予起诉和免于起诉有区别吗，区别是什么根据我国法律规定，不起诉和免予起诉都是人民检察院在不追究被告人的刑事责任时所作出的决定。但由于两者适用的条件和性质不同，特别是免予起诉一词在刑事诉讼法修改后已不再使用，所以这两个概念不能混同使用。不起诉是指人民检察院对公安机关侦查终结移送起诉的案件，经审查认为犯罪嫌疑人不构成犯罪或者依法不应追究其刑事责任，从而决定不向人民法院起诉的一种决定。
不起诉和免予起诉的区别在于:(一)不起诉是在犯罪嫌疑人没有构成犯罪或者虽然构成犯罪，但依照法律规定不应追究刑事责任的情况下，才可以使用;免予起诉是被告人的行为已经构成犯罪，在应负刑事责任的前提下，只是由于刑法规定不需要判处刑罚或可以免除刑罚的情况下才可以使用。(二)不起诉是有明确的法律规定的，只要存在法律上规定的不追究刑事责任的情形之一时，人民检察院就应作出不起诉的决定;免予起诉的适用，需由人民检察院根据案件的具体情况，斟酌法律上的规定作出具体决定。
三、检察机关不予起诉会留有案底吗根据检察机关不予起诉的三种情形看，被检察院决定不起诉决定的当事人是否会有案底要视具体情况而定:
如果犯罪嫌疑人是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉的，则不会有案底;
如果犯罪嫌疑人不是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉，而且因犯罪情节轻微或具有《刑事诉讼法》第十六条规定的情形之一而被不起诉的，仍会有本应的案底记载。简单说来就是如果检察机关认为犯罪嫌疑人本身不构成犯罪而不予起诉的就不会留下案底，但是如果检察机关是因为犯罪嫌疑人为了犯罪事实但由于某些原因而没有提起诉讼的就会留下案底。仔细想想确实也应该这样，案底本来就是对犯罪行为的一个记录，因此一旦犯罪嫌疑人为了犯罪行为就应当留下案底。
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