在经过双方协商后，可以达成一份补充协议。在这个补充协议中，可以对原合同中存在的不合理之处进行修改，并在文件中注明补充协议是具有法律效力的。如果不同意签订补充协议的，那就只能按合同条款执行。但是，对于明显的霸王条款，可以诉讼与法律，请法院裁定。
一、合同上手写补充的有没有效
合同上手写补充的有效。具体如下：
1、如果是双方协商的条款，则是有效的；
2、但是，双方的合同都有相同的条款，因为在实践中，当一方持有的合同上有手写条款，而另一方持有的合同上没有相应的条款时，法院认定该条款不成立。补充协议是对原合同的补充或变更，一般应明确约定；
3、补充协议条款与原合同不一致或者发生冲突的，以补充协议为准，不建议在合同补充条款上手写和盖章变更合同；
4、最好的解决办法是签订补充协议，这样可以更好地保护双方的权益，在原合同手写的条款与原合同中的条款有歧义或明显差异，则以手写条款为准。
二、合同手动修改后有效吗?
合同手动修改是有效的，只要合同的内容在进行修改时，当事人协商达成一致的意见，达成后对修改事项双方签字确认，这份合同就是有效的。在实际操作中，最好签订补充协议。补充协议中应注明协议修订条款，对方必须签署补充协议确认。应注明修改的时间、地点和协议的形成方式。这些足以说明补充协议是主合同的补充，与主合同具有同等效力。
三、主合同与补充合同的内容有矛盾的以什么为准
如果合同没有特别约定，经双方协商一致签订的补充协议就与主合同具有同等的法律效力，其实实际操作上，“补充协议”的效力往往高于主合同。
当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。所以，补充合同的效力优于主合同的效力。
严格而言，合同补充协议是对原合同未尽事宜，或者合同履行过程新发生的情况而另外进行的约定。与合同的变更协议不同，但实务中订立的以“补充协议”为名的协议，其实质内容却常是合同的补充并有变更。
因此，在签订时要特别注意以下三个问题：
1、补充协议的当事人应当与原合同当事人严格一致；
2、补充协议的形式应当与原合同一样完备；
3、严格防止与原合同发生内容矛盾。
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律师回答
摘要：本文讲述了在合同中补充协议的有效性和手动修改的效力，以及主合同与补充合同内容矛盾时的解决方式。补充协议是对原合同中存在的不合理之处进行修改，并在文件中注明补充协议是具有法律效力的。如果不同意签订补充协议的，那就只能按合同条款执行。但是，对于明显的霸王条款，可以诉讼与法律，请法院裁定。
延伸阅读
结语：补充协议是对原合同的补充或变更，一般应明确约定。补充协议条款与原合同不一致或者发生冲突的，以补充协议为准。最好的解决办法是签订补充协议，这样可以更好地保护双方的权益。
法律依据
《中华人民共和国民法典》第一百四十七条基于重大误解实施的民事法律行为，行为人有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。第一百五十一条一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
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