法律分析：一、员工擅离岗位该怎么办?公司应该怎么处理
员工擅自离职，如果用人单位没有及时办理解除劳动合同手续，员工很可能会回来向用人单位主张工资、加班费等;并且此时用人单位与员工的劳动关系，在法律上依然存续，这时若员工在外发生人生意外伤害，尤其是死亡的，其家属极有可能把责任以及赔偿问题，推到公司、用人单位身上。
二、员工擅自离职怎么处理
《劳动法》第二十五条劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
(一)在试用期间被证明不符合录用条件的;
(二)严重违反劳动纪律或者用人单位规章制度的;
(三)严重失职，营私舞弊，对用人单位利益造成重大损害的;
(四)被依法追究刑事责任的。
首先，用人单位应当以书面形式送达通知书，限定员工在指定是时间内回公司上班，并提出如限期内不上班的处理措施。其次，当员工擅自离职达到可以辞退的标准时侯，用人单位应当将解除劳动关系的事宜公开，并以书面形式送达离职通知书给员工，通知其前来办理交接工作以及离职手续。
至于通知书的送达，用人单位应采取挂号信或ems形式，将通知书送达至员工信息登记的住址、身份证地址，或者经济联系人地址，并保存好回执。送达日期，以签收日期为标准。若员工不签收，或邮寄信被退回，用人单位应当完好保留邮寄信，如有争议发生，至开庭时方才当仲裁员的面打开邮寄信，以证明用人单位履行了通知义务和用人单位解除劳动合同的意愿。必要时，用人单位可以在报纸上登声明。
另外，如果员工违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制的，造成用人单位损失的，用人单位可以申请仲裁，要求员工赔偿损失。如果用人单位为员工支付了培训费用，而员工未到期离开的，用人单位可以要求劳动者赔偿培训费。如果员工未与公司办理离职手续就到其他公司上班，造成原公司损失的，公司可以要求员工赔偿损失。
三、如何预防擅自离职的发生
1、制定规范的企业人力资源规章制度。企业人力资源规章制
从上面的内容中我们可以知道，如果遇到员工擅自离职怎么处理的问题我们应该知道怎样去处理了。实际生活中我们可能会面对很多法律方面的问题，因此我们更应该多多了解一些法律方面的知识，才能够在面临这些问题的时候更好的通过法律去解决。
法律依据：《劳动法》第二十五条劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
(一)在试用期间被证明不符合录用条件的;
(二)严重违反劳动纪律或者用人单位规章制度的;
(三)严重失职，营私舞弊，对用人单位利益造成重大损害的;
(四)被依法追究刑事责任的。
