律师解答：
需要调取公司关于请假程序及处罚的规章制度，看看公司目前的处理是否符合公司内部的规定，是否存在误会。尤其是正当请假半天并获得批准的情况，是否属于早退，并处以扣半天工资、扣除全勤奖及补班等处罚。看看是不是部门经理的环节出了什么问题，部门经理有没有批假的权限、有没有及时跟公司人事部门报备、是否符合公司内部请假审批程序。如果确实存在程序瑕疵，有无补救措施，可否免除处罚。 其次，请假接种新冠疫苗，是否属于依法参加社会活动。
【法律依据】：
《中华人民共和国疫苗管理法》
第四十一条 国务院卫生健康主管部门制定国家免疫规划；国家免疫规划疫苗种类由国务院卫生健康主管部门会同国务院财政部门拟订，报国务院批准后公布。国务院卫生健康主管部门建立国家免疫规划专家咨询委员会，并会同国务院财政部门建立国家免疫规划疫苗种类动态调整机制。省、自治区、直辖市人民政府在执行国家免疫规划时，可以根据本行政区域疾病预防、控制需要，增加免疫规划疫苗种类，报国务院卫生健康主管部门备案并公布。
第四十二条 国务院卫生健康主管部门应当制定、公布预防接种工作规范，强化预防接种规范化管理。国务院卫生健康主管部门应当制定、公布国家免疫规划疫苗的免疫程序和非免疫规划疫苗的使用指导原则。省、自治区、直辖市人民政府卫生健康主管部门应当结合本行政区域实际情况制定接种方案，并报国务院卫生健康主管部门备案。
第四十三条 各级疾病预防控制机构应当按照各自职责，开展与预防接种相关的宣传、培训、技术指导、监测、评价、流行病学调查、应急处置等工作。
