1、按其约定或者按实际损失来赔偿。劳动者可先与单位协商,要求其补齐缴纳,若公司还是不履行缴纳义务的,则可向住房公积金管理中心进行举报处置。单位根据法律规章单位录用职工的,应当自录用之日起30日内到住房公积金管理中心办理缴存登记。
2、法律依据:《住房公积金管理条例》
第三十七条 违反本条例的规章,单位不办理住房公积金缴存登记或者不为本单位职工办理住房公积金账户设立的,由住房公积金管理中心责令限期办理;逾期不办理的,处1万元以上5万元以下的罚款。住房公积金管理委员会违反本条例规章审批住房公积金使用计划的,由国务院建设行政主管部门会同国务院财政部门或者由省、自治区人民政府建设行政主管部门会同同级财政部门,依据管理职权责令限期改正。