事业单位病假两个月以内不扣工资，如果超过这个期限，则根据工龄扣除一定比例的工资。事业单位职工请假，应当提前和单位提出，出具病假单。病假的期限最长是两年，如果长期病假结束后尚不能回到单位工作的，办理辞退手续。
1、事业单位工作人员病假在两个月以内的，发给原工资。
2、事业单位工作人员病假超过两个月的，从第三个月起按照下列标准发给病假期间工资:
(1)工作年限不满十年的，发给本人工资的百分之九十;
(2)工作年限满十年的，工资照发。
3、事业单位工作人员病假超过六个月的，从第七个月起按照下列标准发给病假期间工资:
(1)工作年限不满十年的，发给本人工资的百分之七十;
(2)工作年限满十年和十年以上的，发给本人工资的百分之八十。
《企业职工患病或非因工负伤医疗期的规定》第三条规定企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予3个月到24个月的医疗期:
(一)实际工作年限十年以下的，在本单位工作年限五年以下的为3个月;五年以上的为6个月。
(二)实际工作年限十年以上的，在本单位工作年限五年以下的为6个月，五年以上十年以下的为9个月;十年以上十五年以下为12个月;十五年以上二十年以下的为18个月;二十年以上的为24个月。
二、事业单位员工长期病假结束后怎么办
请长病假的职工在医疗期满后，能从事原工作的，可以继续履行劳动合同;医疗期满后仍不能从事原工作也不能从事由单位另行安排的工作的，由劳动鉴定委员会参照工伤与职业病致残程度鉴定标准进行劳动能力鉴定。被鉴定为一至四级的，应当退出劳动岗位，解除劳动关系，办理因病或非因工负伤退休退职手续，享受相应的退休退职待遇;被鉴定为五至十级的，用人单位可以解除劳动合同，并按规定支付经济补偿金和医疗补助费。
劳动者患病或者非因工负伤，经劳动鉴定委员会确认不能从事原工作、也不能从事用人单位另行安排的工作而解除劳动合同的，用人单位应按其在本单位的工作年限，每满一年发给相当于一个月工资的经济补偿金，同时还应发给不低于六个月工资的医疗补助费。患重病和绝症的还应增加医疗补助费，患重病的增加部分不低于医疗补助费的百分之五十，患绝症的增加部分不低于医疗补助费的百分之百。
综上所述，事业单位职工因病需要住院治疗的，在病假期间，单位会酌情支付工资，如果请假天数在两个月以内，单位不扣工资，按照原来的标准支付。如果超过这个期限，单位根据不同情况按照基本工资的百分之六十到八十确定病假工资。
