法律解析：
1.两者适用条件不同
代通知金支付的条件有三个，分别为不胜任工作解除、医疗期满解除、客观情形发生重大变化解除。只有在这三种情形下的解除，才有代通知金。
经济补偿金的支付条件很多，上述三种情形需要向员工支付经济补偿金，还有协商解除、法定裁员、员工被迫解除等诸多种情形。经济补偿金的支付条件包含了代通知金的支付条件，同时其范围更为宽泛。
2.两者的支付月数不同
代通知金为固定金额，是员工一个月的工资。经济补偿金的具体月数跟员工在本公司的工龄有关。员工工作不满半年的，支付半个月;工作半年以上不足一年的，支付一个月。之后一年按照补偿一个月的标准向员工支付经济补偿金。所以代通知为固定的一个月，而经济补偿金则基本上遵循工作一年支付一个月的补偿原则。
3.计算基数不同
代通知金的计算基数为员工离职之前的一个月工资，其不受三倍封顶限制;经济补偿金的计算基数为员工离职之前的十二个月平均工资，受三倍封顶限制。
【法律依据】：
《中华人民共和国劳动合同法》 第四十条 有下列情形之一的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同：
（一）劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的；
（二）劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的；
（三）劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的。
