企业应当在“应交税金”科目下设“应交土地增值税”明细科目，专门用来核算土地增值税的发生和缴纳情况，其贷方反映企业计算出的应交土地增值税，其借方反映企业实际缴纳的土地增值税，余额在贷方反映企业应交而未交的土地增值税。
土地增值税作为对企业营业收入所征收的一种税收，一般应当作为营业税金进行处理，具体可以分为如下三种情况：
(一)对于专门从事房地产经营的企业，应当直接计入营业税金及附加科目，如房地产开发企业应当计入“经营税金及附加”科目，对外经济合作企业应当计入“营业税金”科目，股份制企业应当计入“营业税金及附加”科目。
(二)对于非专营房地产开发的企业从事的房地产开发业务应当缴纳的土地增值税，一般应当作为其他业务支出处理，如工业企业、商业企业、农业企业、交通企业、民航企业等企业应当计入“其他业务支出”科目，如果企业不划分主营业务收入和其他业务收入，那么相应地土地增值税也应当作为营业税金的一部分计入“营业税金及附加”(如旅游饮食服务企业)。
(三)对于企业转让其已经作为固定资产等入账的土地使用权、房屋等，其应当缴纳的土地增值税应当计入“固定资产清理”等账户。
[例1]某房地产开发企业1998年1月将其开发的写字楼一幢出售，共取得收入3800万元。企业为开发该项目支付土地出让金600万元，房地产开发本为1400万元，专门为开发该项目支付的贷款利息120万元。为转让该项目应当缴纳营业税、城市维护建设税、教育费附加及印花税共计210.9万元。当地政府规定，企业可以按土地使用权出让费、房地产开发成本之和的5%计算扣除其他房地产开发费用。另外，税法规定，从事房地产开发的企业可以按土地出让费和房地产开发成本之和的20%加计扣除。则其应纳税额为：
扣除项目金额=600+1400+120+210.9+(600+1400)×5%+(600+1400)×20%
=2830.9万元
增值额=3800-2830.9
=969.1万元
增值额占扣除项目比例=969.1÷2830.9
应纳税额=969.1×30%
=290.73万元
则企业应作如下会计分录：
借：经营税金及附加2907300
贷：应交税金--应交土地增值税2907300
实际向税务机关缴纳土地增值税时作如下会计分录：
借：应交税金--应交土地增值税2907300
贷：银行存款2907300
