法律分析：一、商铺土地增值税税率的计算方法
根据税收政策评判，我国现有税法对同一个项目有普通住宅又有非普通住宅，要享受普通住宅免土地增值税的税收待遇，只明确要求分开核算增值额，而对如何计算土地增值税没有具体规定，在实际土地增值税征收计算中，有两种土地增值税计算方法一种是按核算项目先整体计算增值额和增值率，确定相应税率后，再按面积分别核算增值额，计算土地增值税;另一种是先按面积分开项目计算增值额与增值率，再分别确定适用税率计算增值税。
1、按核算项目先整体计算增值额和增值率，确定相应税率后，再按建筑面积分别核算增值额，计算土地增值税。
扣除项目=土地成本+房屋开发成本+费用扣除10%+加计扣除20%+税金=120+600+(120+600)×10%+(120+600)×20%+55=991(万元)。
增值额=收入-扣除项目=(500+500)-991=9(万元)。
增值率=增值额÷扣除项目×100%=9÷991×100%=0.9%。低于50%，适用30%的税率。
由于增值率未超过20%，因此5000平方米普通标准住宅免土地增值税。
商铺应纳的土地增值税=9×1000÷6000×30%=0.45(万元)。
2、先按面积分开项目计算增值额与增值率，再分别确定适用税率计算增值税。
普通标准住宅扣除项目=120×5000÷6000+600×5000÷6000+(100+500)×30%+27.5=807.5(万元)(除税金及附加外其他按面积分摊)。
普通标准住宅增值额=500-807.5=-307.5(万元)，无增值额。
商铺扣除项目=120×1000÷6000+600×1000÷6000+(20+100)×30%+27.5=183.5(万元);
商铺增值额=500-183.5=316.5(万元);
商铺增值率=316.5÷183.5×100%=172%，适用50%的税率。
商铺应纳土地增值税=316.5×50%-183.5×15%=130.725(万元)。
二、商铺买卖税的计算方法
1、买方税费：
(1)房地产交易手续费：3元/平方米。
(2)房屋登记费：550元/本(每增加一本证书按每本10元收取工本费)。
(3)权证印花税：5元/本。
(4)印花税：房屋产价的0.05%。
(5)契税：交易价(或评估价)×3%。
2、卖家支付的税费:
卖家出售的时候，商铺不论年限，都要交纳以下几种税费：
(1)房地产交易手续费3元/平方米。
(2)印花税：房屋产价的0.05%。
(3)土地增值税：
可提供上手购房发票的，土地增值税=[转让收入-上手发票价(每年加计5%)-有关税金]×适用税率速算公式。
不能提供上手购房发票的，土地增值税=(转让收入-转让收入×90%)×30%。
(4)个人所得税：
据实征收为(转让收入-房产原值-合理费用)×20%，核定征收为转让收入×7.5%×20%。转让收入-房产原值-合理费用相当于个人净收入。
(5)营业税及附加税：
可提供上手购房发票的，为(转让收入-上手发票价)×5.5%。不能提供上手发票的，为转让收入×5.5%。税费为差额的5.56%
(6)土地出让金：
商业用途用房，按其网格点基准地价的35%计收;商业路线价区段路的商业临街宗地，加收路线价的10%;办公用途用房按其网格点基准地价的30%计收。
(7)土地出让金契税：
按本次征收土地出让金价款的3%征收。
