法律分析：一、劳动合同可以有补充协议吗
劳动合同可以有补充协议。经劳动者与用人单位协商一致后，可以订立补充协议，或者对合同的相关事项进行变更；但是双方必须遵循合法、公平、平等自愿、诚实信用等原则来订立协议。
二、劳动合同补充协议有效吗
首先，补签劳动合同只要没有违反法律强制性规定，那么就是合法有效的。
其次公司与劳动者补签订劳动合同，合同应载明劳动合同的期限自双方建立劳动关系之日开始。公司虽在双方建立劳动关系之日起一个月内未与劳动者签订书面劳动合同，但在补签的合同中，双方约定的劳动合同的期限自双方建立劳动关系之日开始，该行为应视为劳动双方协商一致签订的劳动合同，权利义务同样适用于未签订劳动合同前的劳动关系存续期间，属于一种追认行为，可视为双方在建立劳动关系时已订立劳动合同。且该追认行为使双方未签订劳动合同前的劳动关系存续期间也同样受到劳动合同约定权利义务的规范。因此，公司将不承担支付劳动者双倍工资差额的责任。所以在补签劳动合同时最好能够和单位进行协商。
三、补充劳动合同需支付双倍工资吗
“双倍工资”和“补签合同”是用人单位并列承担的责任，即使补签书面劳动合同，仍应支付劳动者两倍工资。
根据我国《劳动合同法》第10条规定：已建立劳动关系，未同时订立书面劳动合同的，应当自用工之日起一个月内订立书面劳动合同。用人单位与劳动者在用工前订立劳动合同的，劳动关系自用工之日起建立。
《劳动合同法实施条例》又作了进一步的明确：用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，用人单位向劳动者每月支付两倍工资的起算时间为用工之日起满一个月的次日，截止时间为补订书面劳动合同的前一日；用人单位同时必须与劳动者补订书面劳动合同，即“双倍工资”和“补签合同”是用人单位应并列承担的责任。也就是说，只要用人单位没有按期与劳动者签订书面劳动合同，就必须向劳动者支付双倍工资，而不管是否补签劳动合同，均没有任何免责事由。
法律依据：《劳动合同法》第三条
订立劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。
依法订立的劳动合同具有约束力，用人单位与劳动者应当履行劳动合同约定的义务。
第三十三条
用人单位变更名称、法定代表人、主要负责人或者投资人等事项，不影响劳动合同的履行。
第三十四条
用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。
第三十五条
用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。
变更后的劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。
