进项税不能抵扣的原因包括：
1、属于增值税暂行条例列举的不能抵扣的情形;
2、取得发票不符合规定;
3、超越抵扣规定的时限;
4、抵扣手续不符合规定。
下面分别说明：
(一)《中华人民共和国增值税暂行条例》第十条规定，下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：
1、购进固定资产;
2、用于非应税项目的购进货物或应税劳务;
3、用于免税项目的购进货物或应税劳务;
4、用于集体福利或个人消费的购进货物或应税劳务;
5、非正常损失的购进货物;
6、非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或应税劳务费;
(二)《中华人民共和国增值税暂行条例》规定：纳税人购进货物或者应税劳务，未按照规定取得并保存增值税扣税凭证，或者增值税扣税凭证上未按照规定注明增值税额及其他有关事项的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。
(三)根据《增值税专用发票使用规定》，购进应税项目有下列情况之一者，不得抵扣进项税额：
1、未按规定取得专用发票。
2、未按规定保管专用发票。
3、销售方开具的专用发票不符合该规定第五条第(一)至(九)项和第(十一)项的要求。
(四)根据《国家税务总局关于增值税一般纳税人恢复抵扣进项税额资格后有关问题的批复》(国税函[2000]584号)规定：一般纳税人经税务机关核准恢复抵扣进项税额资格后，其在停止抵扣进项税额期间发生的全部进项税额，包括在停止抵扣期间取得的进项税额、上期留抵税额以及经批准允许抵扣的期初存货已征税款，不得抵扣。
(五)《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》国税发[2004]88号规定：货运发票应当分别注明运费和杂费，对未分别注明，而合并注明为运杂费的不予抵扣。
(六)增值税一般纳税人在2004年3月1日以后取得的货物运输业发票，必须按照《增值税运费发票抵扣清单》的要求填写全部内容，对填写内容不全的不得予以抵扣进项税额。
(七)根据国税发[2003]120号规定：纳税人取得的2003年10月31日以后开具的运输发票，应当自开票之日起90天内向主管国家税务局申报抵扣，超过90天的不得予以抵扣。
(八)根据《国家税务总局关于加强海关进口增值税专用缴款书和废旧物资发票管理有关问题的通知》国税函[2004]128号规定：增值税一般纳税人取得的2004年3月1日以后开具的废旧物资发票，应当在开具之日起90天后的第一个纳税申报期结束以前向主管税务机关申报抵扣，愈期不得抵扣进项税额。
(九)废旧单位销售其收购的废旧物资，开具普通发票时，应加盖财务印章和开票人专章，生产企业增值税一般纳税人取得未加盖“开票人专章”的普通发票，不得计算抵扣进项税额。
(十)增值税一般纳税人取得所有需抵扣增值税进项税额的废旧物资发票，应根据相关废旧物资发票逐票填写《废旧物资发票抵扣清单》，在进行增值税纳税申报时随同纳税申报表一并报送。纳税人除报送《废旧物资抵扣清单》纸质资料外，还需同时报送载有《废旧物资抵扣清单》电子数据的软盘(或其它存储介质)。未单独报送《废旧物资抵扣清单》纸质资料的，其进项税额不得抵扣。纳税人未按照规定要求填写《废旧物资抵扣清单》的，该张凭证不得抵扣进项税额。
(十一)《关于金税工程发现的涉嫌违规增值税专用发票处理问题的通知》(国税函[2001]730号)规定，目前，防伪税控认证系统发现涉嫌违规发票共分“无法认证”、“认证不符”、“密文有误”、“重复认证”和“纳税人识别号认证不符(指发票所列购货方纳税人识别号与申报认证企业的纳税人识别号不符)”五种。
1、凡防伪税控认证系统发现的上述五种涉嫌违规的发票，一律不得作为增值税进项税额的抵扣凭证。
2、属于“无法认证”、“纳税人识别号认证不符”和“认证不符”中的“发票代码号码认证不符(指密文与明文相比较，发票代码或号码不符)”的发票，税务机关应将发票原件退还企业，企业可要求销货方重新开具。
3、属于“重复认证”的发票，应送稽查部门查处。
4、属于“密文有误”和“认证不符(不包括发票代码号码认证不符)”的发票，应移交稽查部门处理。
凡属于增值税计算机稽核系统发现的上述涉嫌违规的发票，均不得作为增值税进项税额的抵扣凭证。
(十二)根据《国家税务总局关于〈国家税务总局关于纳税人取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知〉的补充通知》(国税发[2000]182号)规定，有下列情形之一的，无论购货方(受票方)与销售方是否进行了实际的交易，增值税专用发票所注明的数量、金额与实际交易是否相符，购货方向税务机关申请抵扣进项税款或者出口退税的，对其均应按偷税或者骗取出口退税处理：
1、购货方取得的增值税专用发票所注明的销售方名称、印章与其进行实际交易的销售方不符的，即134号文件第二条规定的“购货方从销售方取得第三方开具的专用发票”的情况。
2、购货方取得的增值税专用发票为销售方所在省(自治区、直辖市和计划单列市)以外地区的，即134号文件第二条规定的“从销货地以外的地区取得专用发票”的情况。
3、其他有证据表明购货方明知取得的增值税专用发票系销售方以非法手段获得的，即134号文件第一条规定的“受票方利用他人虚开的专用发票，向税务机关申报抵扣税款进行偷税”的情况。
(十三)根据国家税务总局《关于易货贸易进口环节减征的增值税税款抵扣问题的通知》(国税函发[1996]550号)的规定：与周边国家易货贸易进口环节减征的增值税税款，不能作为下一道环节的进项税金抵扣。
(十四)根据增值税暂行条例实施细则第23条的规定：兼营应税项目、免税项目和非增值税项目的纳税人，应准确划分可以抵扣和不能抵扣的部分，不能准确划分者，应按营业额的百分比划分。
