用人单位违反劳动合同收取费用的话可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁。并且劳动合同也可以直接离职不需要办理任何的手续。劳动合同不可以随便的向劳动者收费的。就算是违约金，也只有特殊的情况可以约定，其他情况下约定违约金都是违法的。
劳动者可以直接离职并且向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁向单位要回这笔费用。因为劳动单位不可以擅自的在劳动合同中向劳动者收取费用，也不可以随便的约定违约金。只有在以下的几个情况劳动合同可以约定违约金:
1、在培训服务期约定中可以约定违约金。用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与劳动者订立协议，约定服务期。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
2、在竞业限制约定中可以约定违约金。用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。
二、劳动合同的内容
1、劳动合同期限。
法律规定合同期限分为三种:有固定期限，如1年期限、3年期限等等均属这一种;无固定期限，合同期限没有具体时间约定，只约定终止合同的条件。
2、工作内容。
在这一必备条款中，双方可以约定工作数量、质量，劳动者的工作岗位等内容。
3、劳动保护和劳动条件。
在这方面可以约定工作时间和休息休假的规定，各项劳动安全与卫生的措施，对女工和未成年工的劳动保护措施与制度，以及用人单位为不同岗位劳动者提供的劳动、工作的必要条件等等。
4、劳动报酬。
此必备条款可以约定劳动者的标准工资、加班加点工资、奖金、津贴、补贴的数额及支付时间、支付方式等等。
5、劳动纪律。
此条款应当将用人单位制定的规章制度约定进来，可采取将内部规章制度印制成册，作为合同附件的形式加以简要约定。
6、劳动合同终止的条件。
这一必备条款一般是在无固定期限的劳动合同中约定，因这类合同没有终止的时限。但其他期限种类的合同也可以约定。
7、违反劳动合同的责任。
一般约定两种违约责任形式，第一种是一方违约赔偿给对方造成经济损失，即赔偿损失的方式;二是约定违约金的计算方法，采用违约金方式应当注意根据职工一方承受能力来约定具体金额，避免出现显失公平的情形。
一般情况下劳动合同不能约定违约金的，也不可以以培训费等费用向劳动者收费。发现这些情况的劳动者可以拒绝缴纳费用并且向劳动监察部门投诉。已经交了的，劳动者可以向仲裁庭申请劳动仲裁，但是劳动仲裁仅有一年的时效，超过了的不再受理。
