新公司能否补缴该职工三个月的社保，要从双方建立劳动关系后的三个月社保和职工从原公司离职后缺的三个月社保两种情况来进行具体情况具体分析：
一、双方建立劳动关系后的三个月社保
该参保人在加入新公司之后，和新公司建立了劳动关系，在三个月内新公司没有进行该参保人员社保的缴纳，那么该参保人是有权要求新公司对于这三个月的社保进行补缴的。
二、职工从原公司离职后缺的三个月社保
该参保人从原公司离职之后的三个月之后才入职新的工作，那么这三个月时间断缴的社保，是不能够要求新公司进行三个月社保的补缴的。
离职之后的员工想要进行社保的补缴，那么可以选择以下三种方法：
1、先以灵活就业人员的身份进行职工社保的缴纳，以保证社保中的养老保险和医疗保险能够不断缴，虽然养老保险一时的断缴并不会造成很大的影响，但是医保的断缴对于该参保人的生活医疗是会造成比较大的使用困扰的，以灵活就业人员的身份先进行社保的缴纳，需要承担全部比例的社保缴纳费用，同时也只有养老保险和医疗保险可以选择，所以还是建议尽快参与到新工作中来。
2、参保人还可以选择比较具有保障性的社保代缴机构进行社保的缴纳，不过这样除了要提交相应的社保缴纳费用，还需要支付一定的服务费用，会给参保人员造成一定的资金压力，另外，这种方法也具有一定的风险性。
3、参保人员如果在后续没有继续进入新公司的打算，准备自己进行零售店等等个人经营实体的营业，在职工社保的缴纳上存在了一定的资金压力，那么也可以选择转为城乡居民养老保险，这样每年的社保缴纳压力会比较小，不过该方法也是需要多加斟酌的，因为城乡居民养老保险参保之后，相应的养老待遇会比职工社保的养老待遇差，并且城乡居民养老保险虽然是可以转为职工社保的，但是需要满足相应的条件，并且城乡居民养老保险的缴纳年限是不可以算进职工社保的缴纳年限里的。
以上就是律师对于该问题的全部回答了，希望对您有所帮助。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》
第六十条用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。职工应当缴纳的社会保险费由用人单位代扣代缴，用人单位应当按月将缴纳社会保险费的明细情况告知本人。无雇工的个体工商户、未在用人单位参加社会保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员，可以直接向社会保险费征收机构缴纳社会保险费。
