公司已报税但没发工资的原因可能有以下几种情况:1、工资数据被用人单位人力资源代报提交到了个税系统;2、用人单位的相关人员将其进行了代报,工资的交接有一定的延迟,所以个人所得税系统上会有,但现实中却未发放,具体情况需咨询单位,并尽快到单位对工资进行交接。一般的公司如果已经申报纳税后没有发工资属于违法的行为。职工可以向有关部门进行投诉。公司进行网上报税的流程如下:1、登录、核对日期、系统维护、纳税核定,基本信息维护、输入税号、保存退出;2、重进软件、系统维护、纳税核定、申报表选择,选择完保存显示到主界面;3、数据传输、其他传输、设置通讯参数(只填写注册码,选择互联网),其他传输、字典信息下载、远程下载成功退到主界面;4、系统维护、纳税核定、基本信息维护、查看下载信息是否正确。5、报表填写增值税、填写各表(增值税附表三和四由系统自动生成),各表填写完毕后一定要保存退出,数据审核,单击“审核”、审核成功,确定返回到主界面;6、上网数据传输、数据上报、生成数据、远程上报、提示申报成功,确认返回到主界面;7、上网数据传输、数据上报,申报情况反馈信息,查询打印,选择报表打印即可。【法律法规】《中华人民共和国劳动合同法》第三十条 用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定,向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的,劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令,人民法院应当依法发出支付令。