一、农地转化中的社会公平问题
1、巧立名目，侵占农民利益
我国现行征地制度带有一定的不科学性，使有些地方政府有机会扩大征用权，严重侵犯农民利益的事件时有发生，从而引发一系列社会矛盾。近年来，为应对国土资源管理的高压态势出现了“以租代征”现象，即一些地方政府或企事业单位以低廉的补偿为代价，如给农民办理城镇养老保险，每亩若干元租金，租用农民集体的土地，将大量农地非农化。在“出租”名义下，规避了建设用地审查报批、农用地转用审批和新增建设用地有偿费的交纳等政策性限制。这种“以租代征”巧立名目的做法，严重侵占了当地农民利益，使得大量耕地资源非正常流失。
2、征地补偿不到位，农民权益受损
征地过程中存在着一些严重侵犯农民权益的问题，主要表现在两个方面：(1)无视土地真实成本，补偿范围窄;(2)无视土地市场价格，补偿标准偏低。现行农村土地征用补偿项目主要包括土地补偿费、劳动力安置补偿费、地上附着物和青苗补偿费等，即仅限于补偿与土地有直接联系的一部分损失，至于其他间接或衍生损失则均未列入补偿范围。现行补偿的基本依据是：征地补偿费最高以连续3年农作物平均产量价值的30倍和以农民生活水平不下降为原则。这种征地补偿标准没有反映农地转为非农地后的市场价值升值部分。在市场经济条件下，土地是稀缺资源，有其市场价格，如在市场经济条件下，政府征来的土地是按高于土地补偿费几十倍乃至上百倍的土地交易价格出让的，两者之间的差额收益则由地方政府获取。另外，现行征地补偿标准几乎没有考虑土地的生态服务功能及价值，因而背离了土地应有的总价值。
由于征地补偿费用低廉和补偿不到位等原因，被征地农民的利益受到侵害。甚至出现“种田无地、就业无岗、低保无份”的“三无农民”。这对于建设社会主义新农村和保持社会和谐稳定构成极大威胁。
二、冒进式城镇化对耕地的占用
冒进式城镇化导致城镇建设用地盲目扩张和无序蔓延，过度侵占了大量优质耕地。根据建设部门的数据统计，1991-2000年全国城市建设用地，每年平均增加10多万公顷，2001年在20万公顷以上，2002年上升到32万公顷左右。东部沿海各省市2010年的建设用地指标在2001年就已经用完。根据国土资源部门的数据，在1997~2000年期间，平均每年建设占用耕地为18多万公顷;而在2001~2005年期间，该数量已增加至近22万公顷。尽管国土资源部门加大了管理力度，到2008年建设用地占用耕地仍接近20万公顷。一些地区在城镇化改造、开发区建设以及高校新址建设中，盲目攀比，追求奢华，出现大规模“圈地”现象，使得耕地面积大幅缩减，对我国粮食安全构成潜在的严重威胁。
三、房地产价格快速上涨，引发社会问题
住房是人类赖以生存的生活必需品。近几年来，随着社会经济发展水平的提高，国内房地产市场快速发展，房价持续上涨，且1999~2004年间，房价上涨速度也持续提升，2005年之后速度才有所放慢。房价已经成为整个社会关注的焦点，尤其是在城市地区。公众希望政府通过政策干预，把过高的房价压下来，以满足其正常的消费需求;而房地产开发商和金融机构希望房价能够持续上涨，从而获得较高的利润;地方政府则需要房地产市场保持一定的稳定性，一方面希望促进房地产市场的繁荣以推动地方经济的发展，另一方面要照顾到公众的购买力，确保社会的和谐稳定等。但无论利益群体的愿望如何，如果房价在高位持续运行很可能对社会的和谐发展构成影响。
