主管税务机关应根据企业实际情况决定是否对纳税人年度不得抵扣的进项税额进行清算。原则上，按年度数据计算不得抵扣的进项税额小于按月计算的，需将差额调整到进项税额中，清算月份将少纳增值税;如果年度计算数据大于按月计算的，差额应补缴增值税。
A公司系增值税一般纳税人，主要从事采砂出售，同时购进散装水泥部分包装外销、部分用于生产掺兑煤矸石比例不低于30%的水泥砖。采砂出售选择简易计算方法缴纳增值税，生产的水泥砖符合政策规定免征增值税。2014年1月不含税销售收入58万元，其中：水泥销售收入21万元、砂销售收入12万元、水泥砖销售收入25万元;全年销售收入641万元，其中：水泥收入219万元、砂收入180万元、水泥砖收入242万元。
A公司支付的电费、水费无法划分准确用途，1月份无法划分不得抵扣的进项税额为1万元，全年20万元。1月份计算不得抵扣的进项税额=1×25÷(21+12+25)=0.43(万元)，按月计算全年合计9万元。
A公司的计算是否正确?答案是否定的。主要原因在于A公司没有将简易计税方法计税的自采砂收入作为计算不得抵扣进项税额的基数。计算采用的是《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第二十六条规定的公式，即“不得抵扣的进项税额=当月无法划分的全部进项税额×当月免税项目销售额、非增值税应税劳务营业额合计÷当月全部销售额、营业额”，不得抵扣的进项税额的计算仅包括了免征增值税的水泥砖销售额。
简易办法征税最早出现在《财政部、国家税务总局关于调整农业产品增值税税率和若干项目征免增值税的通知》(财税﹝1994﹞4号)规定的一般纳税人生产下列货物，可按简易办法依照6%征收率计算缴纳增值税。
2008年修订《中华人民共和国增值税暂行条例》及其实施细则时，没有对适用一般计税方法的纳税人兼营简易计税方法计税项目无法划分不得抵扣的进项税额的处理作出规定，简易计税方法计税项目是在《财政部、国家税务总局关于在上海市开展交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点的通知》(财税﹝2011﹞111号)中首次提出。《财政部、国家税务总局关于将铁路运输和邮政业纳入营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2013〕106号)附件《营业税改征增值税试点实施办法》(以下简称《实施办法》)第二十四条规定用于简易计税方法计税项目购进货物、接受加工修理修配劳务或者应税服务的进项税额不得从销项税额中抵扣;第二十六条规定适用一般计税方法的纳税人兼营简易计税方法计税等项目，而无法划分不得抵扣的进项税额，不得抵扣的进项税额=当期无法划分的全部进项税额×(当期简易计税方法计税项目销售额+非增值税应税劳务营业额+免征增值税项目销售额)÷(当期全部销售额+当期全部营业额)。即一般纳税人所购货物专用于简易计税方法计税项目，则进项税额直接转出计入相关成本;如果属于混用则应先计算不得抵扣的进项税额，再计入相关成本。
A公司应将采用简易计税方法计税的砂销售收入作为计算不得抵扣进项税额的基数，2014年1月不得抵扣的进项税额=1×(12+25)÷(21+12+25)=0.64(万元)。
从计算公式可以看出，不得抵扣进项税额取决于纳税人当期无法划分的进项税额大小和当期不得抵扣进项税额项目的销售额占总销售额的比重，为防范纳税人可以通过调节进项发票认证抵扣时间及销售额比重少计应转出的进项税额，《实施办法》第二十六条第二款规定，主管税务机关可以按照上述公式依据年度数据对不得抵扣的进项税额进行清算。本例中A公司根据年度数据计算的2014年应当转出的进项税额=20×(180+242)÷641=13.17(万元)，与按月计算全年合计数9万元相比，应再转出进项税额4.17万元。
