1.项目填写不齐全，起运地和到达地不填写
很多企业账上的公路运输发票都存在起运地和到达地不填写的情况，甚至这些发票中多数都是地税机关代开的。究其原因，主要是公路运输发票的很多内容都有明确的栏次去填写，而这两项找不到填写的地方，于是有很多开票企业认为麻烦而不去填写。根据《关于使用新版公路、内河货物运输业统一发票有关问题的通知》(国税发[2006]67号)规定：备注栏可填写起运地、到达地和车(船)号等内容。所以应在备注栏中写明。另外，公路运输发票的代开票是去地税机关代开的，地税机关根本就不会去考虑国税机关要求抵扣的具体条件，于是不会主动在备注栏中去填写，而企业又认为是税务机关开出的发票肯定没问题。殊不知，国税和地税是“公说公有理，婆说婆有理”，谁也不管谁。可依据《关于新版公路、内河货物运输业统一发票有关使用问题的通知》(国税发[2007]101号)：准予计算增值税进项税额扣除的货运发票，发货人、收货人、起运地、到达地、运输方式、货物名称、货物数量、运费金额等项目填写必须齐全，与货运发票上所列的有关项目必须相符，否则，不予抵扣。这样就把风险留给了企业。冤呀!
2.汇总填开的运输发票没有明细清单
汇总填开的运输发票无法做到一一对应，需要明细清单来证明其真实性，这在《关于增值税若干政策的通知》(财税[2005]165号)也明确了此要求：一般纳税人取得的汇总开具的运输发票，凡附有运输企业开具并加盖财务专用章或发票专用章的运输清单，允许计算抵扣进项税额。一般纳税人取得的项目填写不齐全的运输发票(附有运输清单的汇总开具的运输发票除外)不得计算抵扣进项税额。
但目前地税开票系统中并没有该清单样式，所以如果汇总到地税去代开发票，则取得发票的企业不要忘记向运输企业索取明细清单，运输企业可以根据抵扣的要求设计清单样式，但该明细清单应能明确显示出发货人、收货人、起运地、到达地、运输方式、货物名称、货物数量、运费金额等项目。
3.运费发票的信息与购货发票信息不对应
《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知》(国税发[1995]192号)规定：准予计算进项税额扣除的货运发票，其发货人、收货人、起运地、到达地、运输方式、货物名称、货物数量、运输单价、运费金额等项目的填写必须齐全，与购货发票上所列的有关项目必须相符，否则不予抵扣。但目前企业经常存在运费发票与购货发票不相符的情况，这种情况包括名称不相符、数量不相符、甚至还有起运地和到达地不相符等情况。
如购货发票上写的是“钢材”，但运输发票上写的是“货物”，属于名称不相符;购货发票上购入钢材500吨，但运输发票上写的是钢材600吨，属于数量不相符;购货发票上是从青岛某企业采购的钢材，运输发票上起运地是北京，则存在着起运地不相符的情况。
起运地不相符在现时情况中较常见，货物在流通的过程中往往会存在着票款流向和实物流向分离的情况，也就是现在社会中有很多“商贸公司”，卖的只是信息而非实物。举例说明，A公司是青岛的一家企业，其与同是青岛的钢材销售公司B公司签订合同，买进钢材600吨，但B公司并没有钢材，于是B公司向济南的C公司购进钢材，济南的C公司也没有现货，又再向北京的D公司购进钢材。这样，票款流向是D卖给C，C卖给B，B再卖给A，但货物流向则是由北京的D公司直接运到青岛A公司。A公司取得的钢材销售发票是由青岛B公司开来，但运输发票的起运地是北京，由D公司委托运来，这样的运输发票则不符合192号文件的规定。从常理上来分析也会得出，A从青岛购入钢材，却支付了北京到青岛的运费，根据国税发[1995]192号规定：纳税人购进、销售货物所支付的运输费用明显偏高、经过审查不合理的，不予抵扣运输费用。
这样，就要求企业在签订合同时，明确所承担的运费起运地是购货发票的地点，而不能为其他公司来承担运费。同时，在取得公路运输发票后，及时与运输合同、取得的购货发票及购销合同交叉核对，保证信息对应。
4.开具发票的运输公司并未提供实质运输业务
目前从事公路运输的企业主要分两类，自开票纳税人和代开票纳税人：自开票纳税人是拥有自己的车辆，可以向税务机关申领发票自己开具;代开票纳税人没有自己的车辆，有挂靠的车辆，不能自己开具发票，只能到税务机关代开发票。另外还有一些代开票纳税人，不从事实质运输，只是提供服务，但也去税务机关代开公路运输发票给企业，这样的发票不能抵扣进项税。
判断运输企业是否进行了实质运输，主要看其是否承担运输风险，是否由其来组织运输。曾见到一个运输合同这样规定：甲方为某企业，乙方为某运输公司，丙方为某个人，乙方负责收款并开票，具体由丙方来承运并承担运输的一切风险。从此合同上我们判断，乙方开具了公路运输发票但却没有进行实质运输，只是从事了中间服务，则应开具服务业发票。根据国税发[1995]192号规定：纳税人购进货物或应税劳务，支付运输费用，所支付款项的单位，必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致，才能够申报抵扣进项税额，否则不予抵扣。乙方未提供运输，所开具的发票不能抵扣进项税。
企业应对所签订运输合同加以规范，保证开具发票和提供劳务的单位一致。同时，也要考察承运企业的经营资质，判断代开票纳税人是否有挂靠车辆，是否提供了实质运输业务，避免上述税收风险。
5.应“一票结算”人为拆分为“代垫运费”
《增值税暂行条例实施细则》第十二条规定：条例第六条第一款所称价外费用不包括下列项目：……同时符合以下条件的代垫运输费用：1.承运部门的运输费用发票开具给购买方的;2.纳税人将该项发票转交给购买方的。可以看出，符合条件的代垫运费可以“两票结算”，既购货发票和运费发票分别由销售企业和承运企业开来，款项由销售企业统一代收。但目前有些销售公司借此做文章，本来既销售又提供运输，应该统一开具增值税专用发票的，但其人为进行“筹划”，销售货物开具了增值税专用发票，运输部分以个人名义到税务机关去代开公路运输发票，从而少缴纳税款。
曾见一个合同这样规定：销售钢材，到货价为5000元/吨，甲方和乙方按此金额进行结算，由乙方提供两类发票(增值税发票和税务代开的运费发票)。甲方实际上取得的是乙方开具的增值税发票和某个人开具的运费发票，甲方按照代垫运费方式进行了税务处理，抵扣了进项税。简单来看，这种处理好像也符合“代垫运费”的两个条件，但实质上分析，“代垫运费”要求的是开具运费发票的企业必须是承运企业，上述合同中能证明这一点吗?
如果开具运输发票的企业是承运企业，则上述合同内容存在严重缺陷：应该在合同中明确规定销售价格和运费价格，毕竟受益主体不同，不能不加区分笼统定价;应该明确乙方提供的是货物销售发票，同时承运企业提供公路运输发票。如果开具运输发票的企业非承运企业，则上述运输发票不符合“代垫运费”条件，不能抵扣进项税。
