员工遗失劳动合同的，可以搜集以下这些证据来证明双方存在劳动关系：
(一)工资支付凭证或记录(职工工资发放花名册)、缴纳各项社会保险费的记录;
(二)用人单位向劳动者发放的“工作证”、“服务证”等能够证明身份的证件;
(三)劳动者填写的用人单位招工招聘“登记表”、“报名表”等招用记录;
(四)考勤记录;
(五)其他劳动者的证言等。
其中，(一)、(三)、(四)项的有关凭证由用人单位负举证责任。
劳动纠纷应该怎样处理
1、协商解决。劳动争议发生后，当事人就争议事项进行商量，使双方消除矛盾，找出解决争议的方法。当然，协商解决并不是解决劳动争议的必经程序，只是国家对当事人自行解决劳动争议这种方式予以认可。不愿协商或者协商不成的，当事人可以并有权申请调解或仲裁。
2、企业调解。劳动争议发生后，当事人可以向本单位委员会申请调解，企业调解达成协议的，制作调解书，双方当事人应自觉履行(此协议不具有法律约束力);如果从当事人申请之日起三十日内未达成协议，则视为调解不成。当事人可以在规定的期限60至90天内，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。另外，当事人不愿调解或调解达成协议后反悔的，也可直接向仲裁委员会申请仲裁。
3、劳动争议一般由所在行政区域内的劳动争议仲裁委员会受理，当发生争议的单位与职工不在同一劳动争议仲裁委员会管辖地区时，由职工当事人工资关系所在地的劳动争议仲裁委员会处理。如果当事人任何一方对裁决不服，则应在收到裁决书15日内向当地人民法院起诉，期满不起诉的，裁决书即发生法律效力，当事人对发生法律效力的调解书和裁决书应当依照规定的期限履行。
4、法院判决。当事人任何不服裁向人民法院起诉的，法院将按照的有关程序进行。首先对双方当事人进行民事调解，如果双方当事人就劳动争议达成协议，法院将制定民事调解书，调解书一经送达当事人立即生效，与判决书具有同等法律效力。如果调解不成，法院应当在规定的时间内作出书面判决。原被告任何一方对判决不服的，可在法定期限(自收到判决书起15日)内向上级人民法院提起上诉。
员工遗失劳动合同如何举证
律师回答
摘要：员工遗失劳动合同后，可以搜集工资支付凭证、用人单位发放的身份证明、招聘记录、考勤记录和其他劳动者证言等证据来证明劳动关系存在。劳动纠纷可通过协商解决、企业调解、劳动争议仲裁委员会处理或法院判决来解决。
延伸阅读
结语：在处理劳动纠纷时，双方应首先通过协商解决，消除矛盾，寻找解决争议的方法。如果协商不成，可以申请企业调解或劳动争议仲裁。劳动争议一般由所在行政区域内的劳动争议仲裁委员会受理，当事人也可向法院起诉。无论采取何种方式，当事人应按规定的期限履行调解书或裁决书。如不服裁决，可在法定期限内提起上诉。
法律依据
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第五章 特别规定 第二节 劳务派遣 第六十一条 【跨地区派遣劳动者的劳动报酬、劳动条件】劳务派遣单位跨地区派遣劳动者的，被派遣劳动者享有的劳动报酬和劳动条件，按照用工单位所在地的标准执行。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第二章 劳动合同的订立 第十一条 【未订立书面劳动合同时劳动报酬不明确的解决】用人单位未在用工的同时订立书面劳动合同，与劳动者约定的劳动报酬不明确的，新招用的劳动者的劳动报酬按照集体合同规定的标准执行；没有集体合同或者集体合同未规定的，实行同工同酬。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第五章 特别规定 第二节 劳务派遣 第六十条 【劳务派遣单位的告知义务】劳务派遣单位应当将劳务派遣协议的内容告知被派遣劳动者。
劳务派遣单位不得克扣用工单位按照劳务派遣协议支付给被派遣劳动者的劳动报酬。
劳务派遣单位和用工单位不得向被派遣劳动者收取费用。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第二章 劳动合同的订立 第十一条 【未订立书面劳动合同时劳动报酬不明确的解决】用人单位未在用工的同时订立书面劳动合同，与劳动者约定的劳动报酬不明确的，新招用的劳动者的劳动报酬按照集体合同规定的标准执行；没有集体合同或者集体合同未规定的，实行同工同酬。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第五章 特别规定 第二节 劳务派遣 第六十条 【劳务派遣单位的告知义务】劳务派遣单位应当将劳务派遣协议的内容告知被派遣劳动者。
劳务派遣单位不得克扣用工单位按照劳务派遣协议支付给被派遣劳动者的劳动报酬。
劳务派遣单位和用工单位不得向被派遣劳动者收取费用。
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