法律分析：一、员工恶意举报公司应该怎么办
劳动者和用人单位建立劳动关系，员工恶意投诉企业带来负面影响，用人单位不可以拒发劳动者的合法工资，用人单位可以要求劳动者承担相关赔偿责任。因劳动者本人原因给用人单位造成损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
员工恶意举报公司的，除了民事上承担责任外，还有可能构成刑事犯罪，《刑法》第221条规定，损害商业信誉、商品声誉罪是指捏造并散布虚伪事实，损害他人的商业信誉、商品声誉，给他人造成重大损失或者有其他严重情节的行为。犯本罪的，处二年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
因此，员工恶意举报公司，公司可以要求其赔偿损失，甚至承担刑事责任。
二、员工恶意去劳动局告公司会怎么处理
如果一个员工恶意去劳动局告公司，劳动局会对属于其管辖范围内的投诉问题进行受理，并会到单位进行相关调查核实，确属单位违法的，可以要求单位立即纠正。劳动局不会判断劳动者是否恶意，只会判断是否受理。
如果实属员工恶意诋毁公司，并造成一定程度的影响，公司可以搜索恶意诋毁的证据，到法院依法起诉侵犯名誉权。
三、如何处理恶意举报员工
首先关注员工合同期的问题。若合同期接近到期时，要求部门必须提供该员工不良工作表现的证据资料，如不听从管理（具体工作、任务案例），未安排完成某工作而给公司带来损失，工作严重错误而导致损失等情况。用合理合法的理由，再结合规章制度先做行政处罚处理，并存档，为解约做铺垫。若遇严重错误，够成开除的，就开除处理。若够不成，就多个案例并行处罚，公告。并结合劝退。让员工自动提出离职。
法律依据：《治安管理处罚法》第四十二条
有下列行为之一的，处五日以下拘留或者五百元以下罚款；
情节较重的，处五日以上十日以下拘留，可以并处五百元以下罚款：
（一）写恐吓信或者以其他方法威胁他人人身安全的；
（二）公然侮辱他人或者捏造事实诽谤他人的；
（三）捏造事实诬告陷害他人，企图使他人受到刑事追究或者受到治安管理处罚的。
《中华人民共和国刑法》第二百四十三条
捏造事实诬告陷害他人，意图使他人受刑事追究，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制；
造成严重后果的，处三年以上十年以下有期徒刑。国家机关工作人员犯前款罪的，从重处罚。不是有意诬陷，而是错告，或者检举失实的，不适用前两款的规定。
